Martínez, que no había oído nunca antes aquel nombre, archivó la cinta de la entrevista de Perón. Sólo en 1985, cuando se reveló al mundo la noticia de la muerte de Mengele en 1979, desenterró la vieja cinta y se dio cuenta del verdadero alcance de las palabras de Perón. En la posterior investigación sobre los años de posguerra de Mengele se hizo evidente que Perón había tentado a Martínez con información verdadera, aunque en aquel momento imposible de verificar. La Cruz Roja se vio forzada a admitir tras su muerte que había proporcionado un pasaporte a Mengele expedido a nombre de Helmut Gregor, un alias que seguiría usando en Argentina. Un documento de la CIA confirmaría que el médico de Auschwitz había estado visitando Paraguay al menos desde 1951. La descripción del sujeto que dio Perón también encajaba. Mengele procedía de una familia rica, y había sido muy bien recibido por la comunidad alemana de Argentina. Entre los amigos nazis de Perón, el médico "extremadamente culto" tenía fama de ser un "hombre brillante desde un punto de vista intelectual". Y, por supuesto, se trataba de un "bien plantado" oficial de las SS que hablaba con un claro acento bávaro.
El 17 de enero de 1945, Mengele juntó los registros de sus experimentos con gemelos, inválidos y enanos en el campo de exterminio de Auschwitz, cargó los papeles y las muestras de sangre en un coche que le esperaba e inició su larga huida de la justicia. Tras él dejaba incontables actos de criminal crueldad que le harían acreedor a un estatus único entre los asesinos nazis. Encargado del campo de mujeres del anexo Birkenau cuando llegó al complejo de Auschwitz procedente del frente ruso, en 1943, Mengele había abordado la escasez de alimento o los brotes de tifus enviando a morir a 4.000 mujeres cada día. En el campo se conocía a Mengele como "el principal proveedor de la cámara de gas y los hornos", debido principalmente a su gélida conducta en las selecciones de los trenes de Auschwitz, en las que los médicos de las SS examinaban a los recién llegados que bajaban de los vagones de carga, y, o bien los enviaban directamente a la cámara de gas, o bien les salvaban la vida para dedicarlos a trabajos forzados. A diferencia de otros médicos de las SS, que habían de emborracharse para poder llevar a cabo su inhumana tarea, Mengele se mostraba siempre sobrio, frío y despiadado, siempre con su impecable uniforme de las SS. Con frecuencia solía silbar arias de ópera mientras dividía la cola de las víctimas, señalando con su bastón a derecha o izquierda: la muerte, o la muerte en vida. A veces recorría las colas gritando: "¡Gemelos! ¡Gemelos! ¡Gemelos!", eligiendo cobayas humanas para sus brutales experimentos pseudo-científicos. Según la acusación que Alemania presentó contra él en 1981, cuando todavía se le creía vivo, Mengele quería lograr "un aumento médicamente manipulado del número de nacimientos de gemelos" con el fin de duplicar la tasa de natalidad de los niños arios para Hitler. Otros experimentos de Mengele incluían inyectar tintes en los ojos de los niños para ver si podía convertirlos en arios de ojos azules. Tras las pruebas se enviaba a los niños a la cámara de gas. Mengele exhibía muestras de ojos, desde el amarillo pálido hasta el azul claro, en la pared. "Estaban clavados como mariposas", explicaría un superviviente de Auschwitz.
Despojándose de su uniforme de las SS, Mengele adoptó el disfraz de un médico militar alemán regular y se unió a una unidad del ejército en retirada. Le confió sus notas a una enfermera con la que inició una relación. Mientras la unidad huía del avance de las tropas soviéticas empezó a aflorar el nombre de Mengele como uno de los criminales de guerra nazis más buscados. Su primera inclusión en una lista aliada de la que se tenga constancia fue en abril de 1945. En mayo, la Comisión de Crímenes de Guerra de la ONU le buscaba por "genocidio y otros crímenes". La radio aliada empezó a emitir noticias sobre las atrocidades que había cometido. En algún momento en torno al mes de junio, su unidad fue arrestada por tropas estadounidenses en la ciudad alemana de Weiden. La enfermera que guardaba sus preciosas notas también fue detenida, aunque pronto se la dejaría en libertad. A pesar de que en el campo de detención se registró a Mengele con su verdadero nombre, los estadounidenses no le identificaron como un criminal de guerra buscado, o siquiera como un miembro de las SS, debido simplemente al hecho de que, al incorporarse a este organismo, en 1938, Mengele se había negado a dejarse tatuar su grupo sanguíneo en el brazo o en el pecho como los demás oficiales. Eso no significaba que no se le persiguiera: el 11 de junio de 1945, tres policías militares norteamericanos se habían presentado en casa de su esposa, Irene, en Autenreid, preguntándole si conocía su paradero.
En septiembre, Mengele fue liberado por el ejército estadounidense en su Baviera natal. Mientras estaba en el campo de prisioneros había conseguido un documento de liberación aliado expedido a nombre de otro médico, Fritz Ulman, nombre que alteró cambiándolo por el de Fritz Hollmann. Con dicho documento regresó a Alemania, a la zona ocupada por los rusos, y localizó a la enfermera a la que había confiado sus notas y sus muestras, y luego se retiró a Munich, donde se ocultó en casa de unos amigos. En octubre de 1945, Mengele había encontrado trabajo en una pequeña granja en Mangolding, Baviera. Allí viviría tranquilo como trabajador agrícola durante tres años, mientras la prensa publicaba informes sobre sus atroces crímenes y su nombre aparecía en los juicios de Nuremberg. Pero aunque Mengele logró evadirse del brazo de la ley, en su cabeza se repetía una y otra vez una parodia de juicio. Mengele escribió un diario en el que se convirtió en su propio testigo estelar de la defensa.
En algún momento en torno a abril de 1948, Mengele empezó a preparar su fuga a Argentina. Como ocurriera con otros importantes criminales de guerra alemanes, sus documentos de viaje se arreglaron mientras el ex capitán de las SS Carlos Fuldner estaba en Europa rescatando a nazis perseguidos (hasta entonces no se había establecido aún una infraestructura adecuada para salvar a los peces más gordos, que después de la guerra permanecieron ocultos durante varios años). A partir de ahora, Mengele estaría en manos de profesionales. En lugar de un nombre sobre-escrito en un documento prestado, ahora se dotaría al médico de Auschwitz de una identidad falsa totalmente nueva. El método empleado consistía en hacerle pasar por un individuo de etnia alemana originario del Alto Adigio, en el norte de Italia. Curiosamente, en Roma el obispo Alois Hudal se había hecho cargo de varios oficiales de las SS incriminados en el norte de Italia junto con el cardenal Montini, que veía sus casos con simpatía. Durante el periodo de la posguerra, Hudal mantuvo una voluminosa correspondencia con dichos hombres, organizando la fuga a Argentina de muchos de ellos. La inteligencia estadounidense sabía que había "alemanes nazis" incriminados que estaban cruzando la frontera hacia Italia. Un informe de 1947 afirmaba que viajaban "vía Treviso y Milán con el único objetivo de conseguir documentos de identidad falsos (...) regresando legalmente a las zonas de ocupación británicas, francesas o norteamericanas". Éste fue precisamente el método empleado por Mengele y Eichmann para conseguir identidades falsas para su posterior viaje a Argentina. Entre abril y junio de 1948, los dos criminales de las SS obtuvieron sendos documentos de identidad del municipio de Termeno. Gracias a la Carta d'Identitá número 114, Mengele se convirtió en Helmut Gregor, mientras que la número 131 convertía a Eichmann en Riccardo Klement. Un tercer criminal de guerra que acabó en Argentina, Erich Müller, funcionario de alto rango del Ministerio de Propaganda de Goebbels, obtuvo la Carta d'Identitá número 111, con el alias de Francesco Noelke.
Bajo los semi-legales alias proporcionados por dichos documentos de identidad, Mengele, Eichmann y Müller solicitaron y obtuvieron de inmediato sendos permisos de desembarco argentinos con sólo unas semanas de diferencia. Sus solicitudes se canalizaron casi con toda seguridad a través de la oficina de la DAIE [inmigración argentina] de Fuldner en Génova hacia la Dirección de Migraciones en Buenos Aires. Aquel frenesí de solicitudes, incluyendo las de otros oficiales de las SS como Erich Priebke y Josef Schwammberger, favoreció a un nutrido grupo de criminales nazis cuyos papeles argentinos se procesaron casi simultáneamente a mediados de 1948. Es probable que Mengele pagara caro su permiso de desembarco en Argentina, pero el dinero no era precisamente algo que le faltara a su familia. La zona bávara de Günzburg era sede de la empresa de maquinaria agrícola Mengele desde comienzos de siglo. Su padre, Karl, había sido miembro del Partido Nazi, y en 1932 incluso había recibido la visita de Hitler a su fábrica. En el periodo de la posguerra, y a pesar de soportar un prolongado proceso de desnazificación por parte de los aliados, los negocios de Karl Mengele prosperaron. Pronto extendería su empresa al extranjero, incluyendo Argentina, el país donde su hijo hallaría refugio. El 7 de septiembre de 1948 llegó la noticia de que el permiso de desembarco de Helmut Gregor había sido aprobado por Buenos Aires. Mengele desapareció de Mangolding sin despedirse siquiera de sus empleadores. Tras regresar a su ciudad natal de Günzburg, pasó los meses siguientes oculto en los bosques cercanos, tratando de convencer sin éxito a su esposa, Irene, de que le siguiera a Argentina con el hijo de ambos, Rolf. En abril de 1949, Mengele se marchó solo, saliendo de Alemania. Al parecer, su huida a Italia a través de Austria fue organizada y financiada por su padre por medio de sus antiguos contactos de las SS en la zona de Günzburg. Dicha organización implicó pasar clandestinamente la frontera, intercambiar contraseñas y falsificar documentos de viaje. Finalmente, Mengele llegó a la población septentrional italiana de Vipiteno, la misma localidad del Alto Adigio en donde se había refugiado Erich Priebke un año antes. Allí tenía reservada una habitación en la pensión de la Cruz de Oro bajo su alias de Fritz Hollmann. Un mensajero de la empresa familiar le llevó dinero y un "maletín" que contenía sus notas de Auschwitz y muestras de sangre, conservadas entre pequeñas placas.
Después de aproximadamente un mes pasó a Bolzano, donde se encontró con un agente clandestino identificado sólo como "Kurt" en el diario de su viaje. Kurt tenía contactos croatas, acceso a la Cruz Roja y al consulado argentino; de hecho, todos los atributos para estar vinculado a la DAIE de Perón o a uno de los sacerdotes católicos que ayudaban a los fugitivos nazis. El hombre misterioso le había reservado a Mengele un billete en el North King, un barco que había de zarpar con rumbo a Argentina el 25 de mayo de 1949. La primera parada de Mengele, el 16 de mayo, fue la oficina de la Cruz Roja en Génova, con el fin de obtener un pasaporte válido. El tal Kurt lo arregló sin dificultad: Mengele estaba bien equipado con su permiso de desembarco argentino y su documento de identidad de Termeno, la misma combinación de engañosos documentos que permitiría a Eichmann y a Müller obtener un pasaporte de la Cruz Roja un año después. El siguiente paso, al día siguiente, fue ir al consulado argentino a buscar un visado de entrada. Mengele llegó con un falso certificado de vacunación proporcionado por un médico croata. A pesar de ello, los puntillosos diplomáticos argentinos observaron que la Cruz Roja había escrito por error la fecha de expedición del pasaporte de Gregor en el espacio reservado para la fecha de expiración, con lo que resultaba técnicamente inválido. Tras regresar con un documento enmendado, Mengele descubrió ahora que todavía había de someterse a un examen médico obligatorio en la oficina de la DAIE, en el número 38 de la Via Albaro. Las condiciones sanitarias en las que trabajaban los doctores argentinos dejaron mudo de asombro incluso al propio médico de Auschwitz: "Buscaban posibles casos de tracoma usando siempre la misma varilla de vidrio y sin lavarse las manos", escribió Mengele en su diario. "Si uno no padecía una enfermedad contagiosa antes del examen, lo más probable es que después la tuviera". El único obstáculo real se produjo cuando trató de obtener un visado de salida italiano. Desgraciadamente para Mengele, el funcionario italiano al que Kurt solía sobornar tenía fiesta. Cuando Mengele deslizó un billete de 20.000 liras entre sus documentos y se los entregó al funcionario italiano que estaba de servicio, en lugar de recibir el visado que esperaba se encontró encerrado en una celda. Tras unas cuantas noches de incomodidad, Mengele fue rescatado por Kurt, que finalmente había regresado a la ciudad. De repente, la policía de Génova adoptó un tono de disculpa, y le preguntó a Mengele si es que acaso era judío. Agitado, pero todavía entero, Mengele logró embarcar en el North King a tiempo, el 25 de mayo. "Olas, todo es olas", reflexionó el médico mientras la costa italiana se perdía a lo lejos.
El North King atracó en el puerto de Buenos Aires el 22 de junio de 1949, después de una travesía de cuatro semanas. Los funcionarios de Migraciones de Argentina quedaron desconcertados al ver los documentos médicos y las muestras que Helmut Gregor llevaba al país. "Son notas biológicas", afirmó Mengele sin faltar a la verdad. Se mandó llamar al médico del puerto para que examinara el contenido francamente sombrío del maletín, pero dado que éste no sabía alemán, finalmente dejó pasar a Mengele. Extrañamente, no desconcertó en absoluto al funcionario el hecho de que un "mecánico técnico" -tal como figuraba Gregor en su pasaporte y en la lista de pasajeros del barco- se hallara en posesión de aquel material. Un médico que debía acudir a recibirle, al que Mengele había conocido en 1939 y al que se refería en su diario como "Rolf Nuckert", no se presentó. Con un par de italianos con los que había hecho amistad a bordo, Mengele se registró en el sórdido hotel Palermo, situado en el centro de Buenos Aires. La habitación, francamente ruinosa, parecía realzar aún más la triste acogida que le había dado Argentina. Sin embargo, Mengele conectó con la red de nazis y se labró una posición económica, hasta que en 1960, ya derrocado Perón, huyó a Paraguay, en donde murió ahogado el 7 de febrero de 1979.
Según la evidencia descubierta en 1985, 1979 sería un año marcado en la vida de Mengele. "En 1979 fue invitado a pasar un día de playa, a 50 millas de Sao Paulo. Mengele se introdujo en el mar, hasta que el agua alcanzó sus rodillas. En ese momento desapareció. Sufrió un ataque cardíaco, cayó al agua y se ahogó. Cuando fue llevado a la playa, y a pesar de los esfuerzos, no pudo ser resucitado". Geza Bossert hizo los arreglos para que Mengele fuera enterrado en el cementerio de Ambu, bajo una lápida que lleva el nombre de Wölfgang Gërhard, y allí permaneció hasta su exhumación en 1985. Expertos forenses de Estados Unidos, Alemania e Israel se encargaron de las investigaciones. Se enviaron muestras óseas a Inglaterra, donde existen bancos de datos para su comparación. Esa comparación se retrasó muchos años debido a que la ex esposa de Mengele, Irenna, y su hijo Rolf, se negaban a dar muestras de sangre. "Fue allí que decidí ir a Alemania con mi hermana gemela, y durante tres semanas protestamos frente a la fábrica Mengele. Yo simplemente dije: ¡nosotros entregamos la sangre de millones en Auschwitz! ¡Cómo pueden negarse a dar una simple gota, para el estudio de la verdad!" (Eva Mozes Kor). Finalmente las autoridades alemanas presionaron a Rolf y a su madre, y se obtuvieron las muestras requeridas. El examen de ADN dió un resultado: el hombre sepultado en Ambu, Brasil, fue el padre biológico de Rolf Mengele.
La Operación Whitecoat, llevada a cabo por los Estados Unidos, es hoy día considerada como uno de los experimentos con humanos más grandes de la historia. En plena Guerra Fría la posibilidad de un ataque bacteriológico por parte de la Unión Soviética era considerado como algo muy probable, razón por la cual el Departamento de Defensa de USA y otros organismos gubernamentales comenzaron a diseñar varios planes de creación acelerada de antibióticos y vacunas efectivas para varios agentes infecciosos sin cura conocida. Obviamente para esto necesitaban probar dichas vacunas en personas enfermas, personas que debían ser registradas y observadas durante todo el proceso para así obtener mejores datos. 
Los soldados comenzaron a rebelarse y a negarse a ser infectados, por lo que se organizó un masivo paro general a manera de sentada. Con sus planes detenidos, algo que ciertamente no era aceptable, los responsables del proyecto rápidamente encontrarían nuevas personas en las cuales probar las vacunas experimentales: cristianos adventistas, que por motivos religiosos eran objetores de conciencia, es decir, se negaban a formar parte del ejército o participar en guerras. A unas aproximadamente 3000 personas se les haría llegar una propuesta diciéndoles que, ya que no ayudaban al país militarmente, podían al menos hacerlo siendo parte de pruebas científicas en las cuales serían infectados con distintas enfermedades y rápidamente administrados con la “cura”. Lograron conseguir 2300 voluntarios, entre los cuales, según se reporta, no hubo muertes. 
Pero Whitecoat fue solo una rama en enorme árbol de experimentos encargados por el Departamento de Defensa. Si bien hoy todo aun permanece en secreto -de hecho la documentación interna del fuerte Detrick y los datos del proyecto en sí son considerados como secreto de estado- un documento del 28 de septiembre de 1994 emitido por la oficina de rendición de cuentas de USA haría público, sin especificar datos precisos, que entre 1940 y 1974 -esto incluye a Whitecoat y otros programas- cientos de miles de seres humanos fueron objeto de pruebas en experimentos con sustancias peligrosas, desde radiación y químicos hasta agentes infecciosos. De hecho, del mismo documento oficial emitido por el gobierno de los Estados Unidos se extrae: “Durante los años 50, cientos de miles de personal militar han sido involucrados en experimentación humana y otras exposiciones intencionales conducidas por el Departamento de Defensa (DOD), regularmente sin el conocimiento del soldado o su consentimiento.”
Si bien durante la etapa de pruebas con civiles de la operación Whitecoat, al menos según lo dice el mismo gobierno de los Estados Unidos, se cumplió con el código de Nuremberg y se le permitió a los sujetos de prueba consultar con fuentes externas y poseer información detallada del proceso (si hemos de creerle a la versión oficial). Durante muchas otras pruebas el documento menciona situaciones casi tan irreales y criminales como la siguiente:
